在玄武门之变后，李世民继位皇帝，令狐德棻历任礼部侍郎，兼修国史，太子右庶子，雅州刺史，秘书少监；又奏议修纂梁、陈、周、齐、隋五史，他主修《周书》。

令狐德棻后在唐高宗李治时，任过礼部侍郎、兼弘文馆学士，监修国史，太常卿，国子祭酒，兼授崇贤馆学士，活到乾封元年令狐德棻病逝，享年八十四岁。

因为前不久令狐德棻突然得病不治，快死的时候，被路过的阴丽华，看着招医通告，救下令狐德棻。

第二天早上天还没亮，令狐德棻就奔赴长安皇宫，据说是李世民急招，因此走得十分匆忙，因为文德皇后长孙无垢病危，长孙无垢，乳名观音婢，隋朝右骁卫将军长孙晟之女，唐朝宰相长孙无忌同母妹，八岁丧父，由舅父高士廉抚养，十三岁嫁李世民，李世民在隋恭帝杨侑禅位于李渊，李渊改国号为唐，建元武德，长孙无垢也武德元年册封秦王妃。

长孙无垢一直在为李世民打理后方，武德元年七月，薛举入侵泾州，李世民率众军加以讨伐，不胜而回。九月，薛举死，其子薛仁杲继立。

李世民又被任命为元帅讨伐薛仁杲，宗罗睺全军溃败，李世民斩贼首级数千个，薛仁杲十分恐惧，环城守卫。将晚，李世民大军陆续到来，四面合围。早晨，薛仁杲请降，李世民凯旋，在太庙献捷。

李渊封其为太尉、陕东道行台尚书令，镇守长春宫，关东兵马全部受他节制调度。不久又加授左武侯大将军、凉州总管。

武德二年，十月，刘武周部下宋金刚攻陷浍州，李世民率军队奔赴龙门关，踏冰而渡过黄河，进驻柏壁，不久永安王李孝基在夏县被打败，于筠、独孤怀恩、唐俭都被敌将寻相、尉迟敬德所俘，将要回到浍州去。李世民派殷开山、秦叔宝在美良川拦截，大破敌军，寻相等人仅仅本人逃脱，李世民全部俘虏他的部众，再回到柏壁。

宋金刚终于因为军众饥饿而逃遁，李世民率军直追到介州这时刘武周奔到突厥，并、汾二州又全部恢复了旧地，李渊诏命就在军中加拜李世民为益州道行台尚书令。