郑芝龙昔日招抚的恩主熊文灿因张献忠再反，致抚局失败，而被锁拿入狱（其后于1640年被斩）。

九月初一，帝召嗣昌于平台。嗣昌言，臣朝受命夕起行。二十九日，抵襄阳。十月初一日，嗣昌于襄阳大誓三军，进剿农民军。时明军诸将积骄玩，无斗志，嗣昌鞭副将、斩监军佥事、劾逮湖广巡抚方孔炤，整饬军纪。

闯逆，李自成部，于渭南潼关南原遭遇洪承畴、孙传庭的伏击，溃之，携贼首刘宗敏等残部17人躲到陕西东南之商洛山中。

然，献忠再反，受其影响，隐伏的李自成等多路农民军也重整旗鼓造反，贼势复起。

东北的建奴亦是愈发势大难制。6月23日，明廷因东事愈重，乃决策抽练各镇精兵，复加征“练饷”。辅臣杨嗣昌定议：宣府、大同、山西、延绥、宁夏、甘肃、固原、临洮、辽东、蓟镇，及保定、畿辅、山东、河北各镇兵由各总镇、巡抚、总兵分练，东西策应，闻警即至。

在一战击溃流贼于陕西后，帝调洪承畴为蓟辽督师，主持与建奴作战。

10月，建奴再攻宁远（今辽宁省兴城）。时宁远守将为都督同知金国凤，统军近万人。清军攻宁远，明将士胆怯。国凤愤，率亲丁数十人出据北山冈与清兵苦战，矢尽力竭，与二子及众亲丁皆战死。

蓟辽督师洪承畴，军马不精，士气不振，未敢轻敌冒进，停驻宁远后方，以待建奴势去。此前，锦州被围已数月之久，且外城被建奴击破，情势越发危急。

京师户部，数次催促南直隶及福建、广东速速将“练饷”、“辽饷”、“剿饷”及赋税解送北京，以为练兵筹饷之用。公文之急切，措辞之严厉，为历年之甚。