在张三丰为首的道门的支持下，明教在江湖上的势力也不再有优势，对面雄才大略的太祖，势均力敌就意味着失败，明教彻底败了。

道门当时的道尊天人宗北冥子、真武观主张三丰、上一代天师府主张玄陵、全真道祖师王重阳四人亲自出手，击杀了当时的明教教主、左右二使、四方尊主、护教八王、十二元煞等一众高手，让太祖最终将明教在朝中的势力全部清除。

斗争失败的明教从一开始的国教，被打成了魔教。

国教的位置也被道门接替。

受到重创的明教被江湖和朝廷两方夹击，逐渐分崩离析，一分为三。

第一脉为教中宿老，护法，守成派，重回西域光明顶，重新建立了明教总坛，这一脉继承了明教最大的力量。

第二脉为教中青年骨干，革新派，他们不安于西域一隅，想在中原站稳脚跟，便在黑木崖上建立了日月神教。

第三脉为教中激进派，这一派对大周怨念极深，仇恨无比，且执念非常，带领大批高手建立了同舟会，以推翻大周为目标。

分离前的明教有三大神兵，令、刀、剑。

其一为明教教主象征——圣火令，上载明教独门武学，为西域明教所得，此后因不明原因遗失。

其二为一对鸳鸯宝刀，据说藏有惊天之密，为日月神教所得，在十八年前的正魔大战之中亦消失不见。

其三就是杨清源手中的灵犀神剑，为同舟会所得。