其后又以王恭厂和朝天宫火灾为由，再次力谏熹宗修省，停止大兴土木，对东林党网开一面。

熹宗不听，反加驳斥。这一次，引起魏忠贤不快。七月，王永光又一次称病辞职。

到了崇祯朝，尽管他保护过东林党，虽然事情没有做成，但至少说明他不是阉党。但东林不仅不领情，还要借着清理阉党整他。

但是，王永光也是个老运动员，早已提前烧冷灶，和信王暗通曲款。所以，到了崇祯朝，他的地位稳如磐石，雷打不动。

崇祯没上台前，就非常关注王永光，上台后更是迅速提拔他。

崇祯元年三月，王永光以太子太傅起用，改任户部尚书。后在户科给事中瞿式耜的建议下，崇祯帝在五月九日调任他为吏部尚书。

对于他的复起，东林十分不爽，当年秋天就开始弹劾他和阉党同流合污。

南京户科给事中陈尧言、御史李长春弹劾王永光曾有依附魏忠贤的劣迹，不宜任六部尚书，被崇祯帝拒绝。王永光受到弹劾，请求辞职，崇祯帝坚决不允。

既然和东林彻底闹翻后，既然撕破了脸皮，他也不装了。

其后在钱谦益会推一案中，他暗中支持温体仁，反对钱谦益入阁。此外，他在主持崇祯二年京察与拟钦定逆案的过程中，也包庇过一些和东林矛盾很深的阉党党羽。

这导致了大批阉党没有被清算。阉党的势力仍然在朝堂中占有一席之地。

因此，他被东林党视为“四凶”之一。几乎成了眼中钉肉中刺。

但是，王永光管着吏部，死死的卡着东林官员的升迁。这让东林气的抓狂。