同时，由内阁起草遗诏，内称“皇五弟信王聪明夙著，仁孝性成，爰奉《祖训》兄终弟及之文，丕绍伦序，即皇帝位”。

在张皇后的告诫下，朱由检自带麦饭入宫，不吃宫中食物，对宫中的一切保持高度警惕。

到了夜晚，朱由检秉烛独坐，偶然看见一名小宦官持剑而过，立即叫到跟前，索要其剑，详加审视，许诺将给他赏赐，并将剑留在自己桌上。

当听到宫中巡夜者击打木梆的声音，他起身前往慰劳，并回头问左右侍从如何赐酒食，侍从回答说由光禄寺负责，于是，朱由检下令旨让光禄寺准备酒食，赐给宫中值班巡夜之人，一时欢声如潮。对于魏忠贤，朱由检也“屡赐温词，曲加慰劳”，以安其心。

经过文武百官三次劝进，朱由检于八月二十四日穿上衮冕，祭告天地，即皇帝位，改元崇祯，朱由检即位后，“总揽权纲，天下想望太平”

第一件大事就是铲除魏忠贤及依附他的“阉党”集团。朱由检即位之初，仍像朱由校那样对待魏忠贤及其党羽，该赏赐的照样赏赐，该封官的照样封官。

魏忠贤反而感到不安，便对出身信王府宦官的司礼监秉笔太监徐应元毕恭毕敬，馈赠珍奇异宝，结为兄弟，并在九月初一日上书乞求辞去东厂提督之职，借以试探虚实。结果，朱由检不仅没有批准，而且还好言相劝，慰留一番。

过了两天，朱由检准许魏忠贤的对食奉圣夫人客氏出宫到私人宅第居住。魏忠贤上书乞请免去户部丧礼香蜡三万金，朱由检立即表示同意。

司礼监掌印太监王体乾请求辞职，朱由检不允，在九月二十五日，魏忠贤上书乞请停止为其建立生祠，朱由检批准以前生祠保留如故，不再新修，又夸魏忠贤“有功不居，更见劳谦之美”。

通过对魏忠贤、王体乾及其党羽的恩荫赏赐，在一定程度上打消了他们的疑虑，也麻痹了他们。

“阉党”成员南京通政使杨所修参劾崔呈秀等，朱由检反而“责其轻诋”；十月十四、十九日，另一“阉党”成员云南道御史杨维垣两度参劾崔呈秀各种罪状。

在崔呈秀倒台之后，魏忠贤成为下一个被弹劾的对象。自十月二十三日以来，陆澄源、钱元悫、钱嘉征等陆续弹劾弹劾魏忠贤罪状，，尤以贡生钱嘉征言辞最激烈，列举了“并帝”“蔑后”“弄兵”“无二祖列宗”“克削藩封”“无圣”“滥爵”“掩边功”“朘民”“通同关节”十条“滔天之罪”。

魏忠贤得知此疏，在朱由检面前痛哭流涕，连呼冤枉。朱由检不为所动，命内侍当廷诵读钱嘉征奏疏，让魏忠贤亲耳聆听，魏忠贤“震恐丧魄”。

魏忠贤以身体不适为由，请求辞职。徐应元本起于信王府，与魏忠贤相互勾结，但见魏忠贤将要失势，也请求养病，朱由检顺势批准魏忠贤、徐应元回家养病。