十一月初一日，朱由检在一切准备妥当之后，正式下旨将魏忠贤之罪昭告于世，贬魏忠贤至凤阳祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。

魏忠贤出京时，带着大量随从，威风不减，不久，朱由检以魏忠贤“将素畜亡命之徒，身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然”为由，下令将其逮捕至京。

行至阜城的魏忠贤从“阉党”成员李朝钦那里提前得知这个旨意，两人痛饮一番后双双自缢。

客氏被杖杀，崔呈秀亦自缢。其后，朱由检召回各地镇守太监，平反天启末年迫害东林党的冤狱，毁《三朝要典》，定“钦定逆案”，将魏忠贤等255人定为“逆党”，魏忠贤和客氏被凌迟戮尸，其党羽或处死，或削籍，或充军，从而实现了拨乱反正。时人评论此举“不动声色，潜移默夺，非天纵英武，何以有此”。

朱由检剪除魏忠贤后，兢兢业业，励精图治，力图挽回明朝的衰落，实现中兴之伟业。

朱由检训诫群臣，称在阉党垮台、“职掌还之各司”之后，群臣务必“致忠竭节”，洗刷积弊，以“为国节财，为民择吏”为要，同时“一切奏议有关国计者，遵我祖宗成法，不得妄议纷更”。

同时朱由检以身作则，勤于政事。他始终坚持经筵与日讲，不仅学习儒家经典，也作为听取讲官意见、与朝臣讨论时事的一个重要渠道，即使“边报纷纭”，经筵、日讲依然如故，甚至更加“精勤”。

朱由检每天“鸡鸣而起，夜分不寐”，宫中从无宴乐之事，朱由检坚持常朝，而且除了盛暑严寒之外，都会去文华殿召见重臣，讨论政事。

朱由检不仅在明朝皇帝中以勤勉著称，甚至被臣下誉为“汉、唐以来良所稀见”。

另一方面，朱由检亦留下礼部尚书温体仁、礼部右侍郎周延儒、吏部尚书王永光、兵部侍郎申用懋等非东林党的官员，以制衡东林党的势力，这四人被东林党称为“四凶”。

在朝堂之外，崇祯初年最大的难题是收复被后金占据的辽东。朱由检将这一重任交给了曾在天启末年相继取得宁远大捷和宁锦大捷的原任辽东巡抚袁崇焕。

但是…………

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